Respuesta de Gocht en ¿Como incluir un campo annotate en filter Django?

Intenta con la funcion F():

from django.db.models import Flistado_facturas = Clasificacion.objects.filter(    Q(factura__cliente=1)&    Q(factura__trafico__tipo_operacion=1)&    Q(factura__trafico__modal=1) &    Q(factura__trafico__fecha_cruce=None))\.order_by().values('factura__valor_factura','factura__id')\.annotate(total_clasificacion = Sum('total'))\.filter(factura__valor_factura=F('total_clasificacion'))print(listado_facturas)